其中重要的一点是正确处理沿海与内地的关系,因为形势缓和,国家急于建设,内地管长远,沿海有效率,既然打不起来就先建起来。重新启动沿海建设给上海的任务很重,上海希望交大迁校后帮他们再建一所机电大学,高教部在1956年下半年后开展这项工作,这就给迁校带来影响。在1957年发生迁校争论后,周总理提出了一校分设两地的意见,后来经过讨论,决定大部分迁西安,新兴专业设在西安,交大的西安部分朝理工大学的方向发展,小部分设在上海,其中有老的机电底子,也有内地无法发展的造船、运输起重等专业学科。
正是由于交大的重要性,总理在1957年5、6月间拿出很多时间来处理交大迁校问题,并召开国务院专题会议,就交大迁校及未来发展发表长篇讲话。这在周恩来年谱中有记载,也是任何一所大学所没有的经历。
1957年8月到1959年8月,整整两年间,交大是分为西安、上海两个部分的,但这毕竟是权宜之计,并不符合当时的国情。7月30日高教部向国务院提交两校分设报告得到批准。9月彭康任命为西安交大校长兼党委书记,司法部副部长谢邦治任命为上海交大同一职务。10月1日在西安国庆节大游行中第一次打出了西安交大校牌。